在协议签署之后，出现的质疑并不必然意味着协议的有效性受到质疑。
这种情况需根据具体分析异议产生的原因，以及协议的具体内容及签订流程是否遵循了相关的法律规定进行判定。
倘若争议源于对协议条款的理解错误或者在双方协商过程中存在较大的意见分歧，而且这些分歧严重到足以影响协议的公正性与合法性，则可能导致协议效力受损。
然而，若协议的本质内容及签订流程皆合法、合规，并未违反任何法律法规的强制性规定，仅仅是某一方对于部分条款持有不同观点，那么该协议通常仍具有法律约束力，持异议的一方可能需要通过合法途径，例如协商修改、提起诉讼要求解除协议或申请撤销等方式加以解决。
总之，讨论协议签署之后的争议是否会对协议效力造成影响时，需要考虑多方面的因素进行全面考量辨析。