通常来说，医疗科室承包合同具备有效性。
在签署该类合同之际，前提条件为合同当事人具备法律所承认的民事行为能力，同时这份合约必须是建立在各方诚实守信、真情实感且没有任何违反我国基本法律原则及良好社会秩序的基础之上的，因此具备了法律效力。
然而若按照以下几种情况进行分析，则会发现此种合同存在着违法可能性:
首先，合同的具体条款或者发生的事件可能会违反国家制定并公布实施的法律法规中的强制性规范;
其次，当签署合同的合同主体是缺乏法律所承认的民事行为能力者时;
此外，合同参与者与具体合同对象之间存在恶意勾结，利用这种联盟来侵犯他人合法权益并且签订了此类合约;
再者，违反社会公共秩序以及善良风俗的情况也同样需要考虑在内;
还有就是，当合同参与者或者特定合同对象是凭借虚假的意愿来达成共识并签署的等等情况。

《民法典》第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。