合同仅有合同专用章时仍视为合法有效合同。
根据现行法规规定，当双方约定采用合同书形式订立合同时，只有在所有签约方均在合同上签字、加盖公章或涉及实际按指纹之后，该份合同才正式生效。
在正式签署、加盖公章或按下指印之前，即使已有人提前实施了合同中的重要权利与义务，只要对方随之予以认可并接受，该份合同同样会被认为已经成立生效。
因此，可以明确地说唯有在合同中同时存在合同专用章和其他法定代表人签名的情况下，才能使该份合同成为法律意义上的有效协议。

《民法典》第四百九十条
当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。