孩子父亲有案底，会影响子女当兵的政审，根据《征兵政治审查工作规定》，家庭主要成员、直接抚养人、主要社会关系成员有被刑事处罚、开除党籍、开除公职或者有严重违法问题尚未查清，本人有包庇、报复言行的公民，不得征集服现役。

《征兵政治审查工作规定》
第八条具有以下情形之一的公民，不得征集服现役：
（七）参加过邪教组织或者进行过活动的，参加过有害功法组织或者积极进行过活动的；家庭主要成员、直接抚养人、主要社会关系成员或者对本人影响较大的其他亲属是邪教或者有害功法组织骨干分子的；
（八）本人或者家庭主要成员、直接抚养人参加民族分裂、暴力恐怖、宗教极端等非法组织、带有黑社会性质犯罪团伙或者进行过活动的；主要社会关系成员或者对本人影响较大的其他亲属是上述非法组织骨干分子的；
（九）家庭主要成员、直接抚养人、主要社会关系成员或者对本人影响较大的其他亲属，有被刑事处罚、开除党籍、开除公职或者有严重违法问题尚未查清，本人有包庇、报复言行的；
（十）家庭主要成员有危害国家安全犯罪行为或者严重政治性问题，本人不能划清界限的；
（十一）其他不符合征集服现役政治条件情形的。