若夫妻中有一方有不道德的行为，在判定该事件中子女抚养权归属问题时，法院会从保护未成年人权益的角度出发，全面立体地考量彼此之间的养育能力、养育条件以及孩子个人意志这三者间的相互关系。
倘若出轨一方的不当行为将会对孩子的身心健康产生负面影响，那么他们在争取抚养权的过程中可能会面临困难。
然而，需要明确指出的是，出轨行为本身并不能作为决定抚养权归属的唯一依据。
在大多数情况下，法院可能会采取一种公平合理的方式，即让两个孩子分别由父母中的一方来抚养，或者根据实际情况，将两个孩子的抚养权交由能够为他们提供更好成长环境的那一方。

《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。