在历经长达两年的分居生活之后，若选择通过协议方式来解决离婚问题，那么双方必须携带各自的户籍本、身份证件以及结婚证书，同时还需共同签订一份详尽的离婚协议，然后便可以前往当地婚姻登记管理部门申请办理离婚登记手续。
然而，若是决定通过司法途径进行离婚处理的话，则需呈交一份详细且正式的起诉书，同时提交申请人的身份证件、结婚证书等材料；
此外，还须提供充分的证据让法官明了双方确实存在因情感不合而导致的持续分居达两年以上的事实，最终通过法院的审理来完成离婚程序。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。