处理商品房预售合同纠纷的程序如下：
首先，根据合同中的相关约定进行处理；若未明确规定则按照协议优先原则执行；如果双方无法达成共识，可提交至基层组织进行调解解决；在调解无效的情况下，可向当地法院提起诉讼；若当事人在签署合同时已事先签订了仲裁协议或仲裁条款，可选择向具有管辖权的仲裁机构提出仲裁请求。
另外，当事人亦有权选择直接采取诉讼或仲裁两种方式来维护自身权益。

《民法典》第四百七十条合同的内容由当事人约定，一般包括下列条款：（一）当事人的姓名或者名称和住所；（二）标的；（三）数量；（四）质量；（五）价款或者报酬；（六）履行期限、地点和方式；（七）违约责任；（八）解决争议的方法。当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。《民事诉讼法》第一百二十二条当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。《中华人民共和国仲裁法》第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。