关于店铺租赁协议纠纷的妥善处理方式主要包括以下几点：首先是通过调解方式，在具有公信力的第三方机构的主导下，所有涉案各方都能够在平等、自愿的原则下进行对话和协商；其次是采用仲裁手段，当双方无法达成共识时，可以选择将争议提交给专门设立的仲裁机关，借助其权威性和公正性的优势来查明事实真相，并依据法律法规予以公平裁定；最后是诉讼途径，如果前述二者皆不可行，那么就只能依照法定程序向当地人民法院提起诉讼，请求司法机关介入并依法做出判决，从而彻底解决这起涉及到离婚房产权益的纷争。

《中华人民共和国民事诉讼法》第九条人民法院审理民事案件，应当根据自愿和合法的原则进行调解；调解不成的，应当及时判决。《中华人民共和国仲裁法》第二条平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。