个体户开出的专用发票和一般纳税人开出的专用发票税率是不一样的。除了房租发票的税率是5%外，其他的专用发票都是3%的税率。所以经常会有个体户拿着开出的专用发票去税局作废，理由是对方不接受3%税率的专用发票，需要的是那种6%、11%、17%的专票。而这些只有一般纳税人才能开出，个体户只能开具3%的。

《中华人民共和国个人所得税法》第二条下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：（一）工资、薪金所得；（二）劳务报酬所得；（三）稿酬所得；（四）特许权使用费所得；（五）经营所得；（六）利息、股息、红利所得；（七）财产租赁所得；（八）财产转让所得；（九）偶然所得。居民个人取得前款第一项至第四项所得（以下称综合所得），按纳税年度合并计算个人所得税；非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。