若在交通事故中，责任认定书下来后对方拒不配合，可按以下步骤来处理。
首先，一定要自行妥善留存责任认定书的副本以及其他相关的证据，比如事故现场的照片、证人的联系方式等，这些证据要好好保存起来，为后续可能进行的诉讼做好准备。
接着，要积极与对方进行沟通，清楚地向对方说明不配合可能会引发的一系列法律后果，比如对方需要承担的巨额赔偿责任等，让对方明白不配合的严重性，从而争取对方的配合。
如果沟通之后对方仍然不愿意配合，那么就可以向处理该事故的交通管理部门申请调解。
交通管理部门会根据相关规定督促对方参与到调解中来，尽力促使双方达成赔偿协议。
然而，倘若对方依旧拒绝配合调解，或者在调解过程中双方无法达成一致意见，此时就可以向有管辖权的人民法院提起民事诉讼。
通过法律途径来解决赔偿等问题，要求对方承担相应的法律责任。
在诉讼过程中，必须要准备充分的证据，像责任认定书是必不可少的，它能明确事故责任；还有车辆的相关信息，这有助于确定赔偿主体；以及医疗费用的凭证等，这些证据都能有力地支持自己的诉求，增加胜诉的可能性。

案情回顾:

小朱与小李发生交通事故，交通管理部门下达责任认定书后，小李拒不配合。小朱自行留存了责任认定书副本、事故现场照片和证人联系方式等证据，他积极与小李沟通，告知不配合的法律后果，但小李仍不配合。小朱申请调解，小李拒绝参与，双方调解不成。

案情分析:

1、小朱留存证据是明智之举，为后续维权奠定基础。
2、小朱积极沟通符合处理流程，小李拒不配合违背了应尽义务。
3、小朱申请调解无果后提起民事诉讼是合法维权手段，在诉讼中小朱凭借之前留存的证据更有利于诉求得到支持。