当宅基地合作建房合同被认定无效时，可参照以下方式进行处理：
一、返还财产
根据相关法律规定，合同一旦被认定无效，基于该合同所取得的财产，应当予以返还。
在宅基地合作建房的情境中，这种情况下，提供宅基地的那一方有权收回自己的宅基地，使其恢复到合同签订前的状态。
而出资建房的一方，则应收回自己当初投入的建房款项。
这一处理方式旨在恢复双方在合同签订前的财产状况，保障各方的合法权益。
二、折价补偿
在某些特定情况下，财产可能无法返还或者没有必要返还，此时就需要进行折价补偿。
例如，当房屋已经建成，由于房屋是一个整体，很难简单地将其拆分并返还给各方。
这时，就需要按照一定的科学、合理标准，对房屋的整体价值进行专业评估。
然后，根据各方在合作建房过程中的实际投入，
三、过错赔偿
如果在合同签订和履行过程中，一方存在过错，那么该方应当对另一方因此所遭受的损失进行赔偿。
若双方都有过错，则需各自承担相应的责任。

案情回顾:

小朱与小李签订宅基地合作建房合同，小朱提供宅基地，小李出资建房。后该合同被认定无效，争议点在于如何处理已建房屋及双方投入，小朱想收回宅基地，小李要求拿回建房款并获相应补偿。

案情分析:

1、关于返还财产，小朱有权收回宅基地，小李应收回建房款项，以恢复合同签订前财产状态，保障双方权益。
2、针对折价补偿，因房屋已建成难以拆分返还，需专业评估房屋价值，按双方土地、资金等实际投入比例进行折价补偿。
3、对于过错赔偿，若一方明知规定不能合作建房仍签约，需对另一方损失赔偿；若双方均有过错，则各自担责。