关于民间借贷已经还清的情况，应按照以下步骤进行妥善处理：
首先，对于到期并已结清的原始借条似乎应被保持完好无损，尽可能避免损毁风险；其次，若出借方收到借款人的借款全额还款时，应当向借款人开具相应的收款证据，即所谓的收条；再者，当涉及大量账目的处理过程中，为了确保清晰明确地确认每笔债务关系，您或许可考虑采用对账单的形式来记录所有债务信息，同时在附件形式上，将原始借条作为对账单的重要补充；
另外，针对债权凭证以及还款凭证的问题，我们强烈建议各位能够妥善保管这些资料，以便在将来可能出现的各种情况下能够及时调取查阅；最后，但是并非最次要的一点，如果您在偿还全部债务之后发现对方仍未归还借条，此时您完全有权利向当地法庭提出诉讼请求，以维护自身合法权益。

《民法典》第六百七十五条
借款人应当按照约定的期限返还借款。对借款期限没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，借款人可以随时返还；贷款人可以催告借款人在合理期限内返还。