医疗损害赔偿案件的处理如下：
1、协商。医患双方就赔偿问题进行协商，达成一致意见，双方签订协议书，可以办理公证或律师见证，并报卫生行政主管部门备案。
2、申请卫生行政部门处理。当事人应当提出书面申请，并在知道或应当知道身体健康受到损害之日起1年内提出。
3、向人民法院起诉。

《医疗纠纷预防和处理条例》第二十二条
发生医疗纠纷，医患双方可以通过下列途径解决：
双方自愿协商；
申请人民调解；
申请行政调解；
向人民法院提起诉讼；
法律、法规规定的其他途径。