针对行政处罚中违法所得的认定问题，主要存在以下四种情况：
首先，对于生产领域的违法行为，其应缴纳的罚款以其实际生产的相关产品的销售总收入减去相应的原材料采购价格后得出；
其次，对于销售领域的违法行为，其应缴纳的罚款应以违法销售的相关商品的销售总收入减去对应商品的购入价格计算；
再者，对于服务行业的违法行为，其应缴纳的罚款应以违法提供服务的全部收入减去该项服务中所使用商品的购入价格计算；
最后，对于为违法行为提供便利条件的违法行为，其应缴纳的罚款应以当事人的全部收入计算。
若违法所得未能及时上缴，可能会导致以下严重后果：
首先，如果犯罪分子拒绝上缴违法所得，法院有权采取强制措施对其进行追缴；
其次，在决定量刑时，法院可以将犯罪分子是否愿意上缴违法所得视为一个重要的参考因素，并据此从重处罚。

《中华人民共和国刑法》第六十四条
【犯罪所得、违禁品、犯罪所用物品的处理】犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；
对被害人的合法财产，应当及时返还；
违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。
没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。