农村自建房婚内协议书在符合特定条件时具备法律效力，具体如下：
一、真实意思表示
协议书必须是夫妻双方真实意愿的体现，不存在任何欺诈、胁迫等不当情形。
例如，一方不能通过欺骗手段让另一方在协议上签字，或者以威胁家人安全等方式强迫对方签署。
二、内容合法合规
协议内容不得违反法律法规的强制性规定。
比如，不能对违法建筑进行相关协议约定。
因为违法建筑不受法律保护，相关约定也无法得到法律支持。
三、权利义务明确
要清晰明确双方的权利义务，像房屋的归属问题，是归一方所有还是共同所有；房屋的修建责任，由谁负责筹集资金、监督施工等；后续的维护责任，如维修、保养费用的承担等。
若协议书满足上述条件，就能对双方产生法律约束力。
不过在实际操作中，还需考虑当地风俗习惯等因素，部分地区对自建房权属认定有特定规定，会影响协议效力。
总之，协议要合法、真实、明确，才能保障双方权益。

案情回顾:

小朱与小李系夫妻，婚内就农村自建房签订协议书。小朱称小李受其胁迫签字，且协议涉及违法建筑约定，双方对房屋归属、修建及维护责任等规定不明。小朱主张协议无效，小李则认为有效，双方产生争议。

案情分析:

1、关于是否真实意思表示，若小朱能证明存在胁迫等不当情形，协议可能因非真实意愿体现而无效；若无法证明，协议在此方面有效。
2、对于内容合法合规性，若涉及违法建筑约定，相关部分无效；不涉及则有效。
3、权利义务明确方面，若关键条款模糊，易引发纠纷，可能影响协议效力。且需考虑当地风俗习惯对协议效力的影响。