当女方起诉离婚而结婚证在男方手中时，她可以这样处理。
女方要先带上自己的身份证，前往婚姻登记机关。
在那里，工作人员会根据她的身份信息等相关资料，为她开具一份婚姻关系证明。
这份证明和结婚证的法律效力是完全一样的，它能够证明双方的婚姻关系存在。
接着，女方就可以凭借着这份证明，向法院正式提起离婚诉讼。
在诉讼的整个过程中，法院会严格依照相关的法律规定以及所提交的各种证据来对案件进行审理。
如果在后续的程序中，确实需要用到结婚证的原件，那也不必过于担心。
等到法院判决离婚之后，女方可以通过婚姻登记机关或者其他合法的途径，去补办结婚证。
总的来说，结婚证在男方那里并不会对女方起诉离婚造成阻碍。
只要女方能够准备好合法有效的证明材料，法院就一定会依法进行审理和判决，以保障双方的合法权益。