特殊机构赋码的流程为：
1、向外汇局代码标准管理部门提交申领表及相关材料。
2、外汇局代码标准管理部门收到申领表等材料审核无误后，通过赋码系统申领特殊机构代码，并留存申领表、协办表备查。
3、全国组织机构代码管理中心根据外汇局在赋码系统提交的申领请求，通过赋码系统自动查重后，实时赋予特殊机构代码。

《特殊机构代码赋码业务操作规程》第二条
国家外汇管理局委托国家质量监督检验检疫总局全国组织机构代码管理中心办理特殊机构代码赋码工作。全国组织机构代码管理中心统一负责特殊机构代码的赋码、防重、查错等工作，并负责安装、维护特殊机构代码赋码系统（以下简称赋码系统）。国家外汇管理局负责全国涉外业务特殊机构代码申领和赋码的协调工作，国家外汇管理局各省、自治区、直辖市分局、外汇管理部以及深圳、大连、青岛、厦门、宁波市分局（以下简称外汇局分局）负责代理辖内特殊机构代码的申领、管理等工作。