在破产重整的实施阶段，众多关键性事务往往都需由司法机构做出决策：
第一，审议并批准重整计划的调整案。
若在重整执行过程中，由于外在环境发生了重大变化导致计划需进行修改，此类修改变更行为须获得司法机构的批准许可。
其次，监管管理团队的各项工作。
司法机构负责确保管理者按照法律规定切实履行自身义务，从而保证整个重整流程得以公平、高效地推进。
再者，就重整执行过程中所产生的纠纷作出裁定。
假使各方当事人针对重整执行中的特定问题产生分歧，并难以通过协商途径化解时，则应由司法机构做出判决和决定。

《中华人民共和国企业破产法》第八十七条
部分表决组未通过重整计划草案的,债务人或者管理人可以同未通过重整计划草案的表决组协商。该表决组可以在协商后再表决一次。双方协商的结果不得损害其他表决组的利益。
未通过重整计划草案的表决组拒绝再次表决或者再次表决仍未通过重整计划草案,但重整计划草案符合下列条件的,债务人或者管理人可以申请人民法院批准重整计划草案:
(一)按照重整计划草案,本法第八十二条第一款第一项所列债权就该特定财产将获得全额清偿,其因延期清偿所受的损失将得到公平补偿,并且其担保权未受到实质性损害,或者该表决组已经通过重整计划草案;
(二)按照重整计划草案,本法第八十二条第一款第二项、第三项所列债权将获得全额清偿,或者相应表决组已经通过重整计划草案;
(三)按照重整计划草案,普通债权所获得的清偿比例,不低于其在重整计划草案被提请批准时依照破产清算程序所能获得的清偿比例,或者该表决组已经通过重整计划草案;
(四)重整计划草案对出资人权益的调整公平、公正,或者出资人组已经通过重整计划草案;
(五)重整计划草案公平对待同一表决组的成员,并且所规定的债权清偿顺序不违反本法第一百一十三条的规定;
(六)债务人的经营方案具有可行性。
人民法院经审查认为重整计划草案符合前款规定的,应当自收到申请之日起三十日内裁定批准,终止重整程序,并予以公告。