公司在清算期间，印章应当交由管理人，也就是清算小组管理。

《破产法》第二十四条
管理人可以由有关部门、机构的人员组成的清算组或者依法设立的律师事务所、会计师事务所、破产清算事务所等社会中介机构担任。人民法院根据债务人的实际情况，可以在征询有关社会中介机构的意见后，指定该机构具备相关专业知识并取得执业资格的人员担任管理人。有下列情形之一的，不得担任管理人：
(一)因故意犯罪受过刑事处罚；
(二)曾被吊销相关专业执业证书；
(三)与本案有利害关系；
(四)人民法院认为不宜担任管理人的其他情形。个人担任管理人的，应当参加执业责任保险。
第二十五条
管理人履行下列职责：
(一)接管债务人的财产、印章和账簿、文书等资料；
(二)调查债务人财产状况，制作财产状况报告
(三)决定债务人的内部管理事务；
(四)决定债务人的日常开支和其他必要开支；
(五)在第一次债权人会议召开之前，决定继续或者停止债务人的营业；
(六)管理和处分债务人的财产；
(七)代表债务人参加诉讼、仲裁或者其他法律程序；
(八)提议召开债权人会议；
(九)人民法院认为管理人应当履行的其他职责。
本法对管理人的职责另有规定的，适用其规定。