公司设立注册手续一般应在所属区域的工商行政管理局进行。
根据法律规定，任何人欲设立法人公司，均需依法向市、县两级的公司登记机关提交设立登记申请书并获得批准后方可正式成立，而这些公司登记机关通常就是指各级地方工商行政管理机构。
在实际操作中，各个级别公司登记机关的日常工作都由上级公司登记机关统一指导和监督。
与此同时，各级公司登记机关还需要严格依照相关法律法规以及自身条例来履行为民服务之责，任何形式的非法干扰都不能影响其公正性。

《中华人民共和国公司法》第六条
设立公司，应当依法向公司登记机关申请设立登记。符合本法规定的设立条件的，由公司登记机关分别登记为有限责任公司或者股份有限公司；不符合本法规定的设立条件的，不得登记为有限责任公司或者股份有限公司。法律、行政法规规定设立公司必须报经批准的，应当在公司登记前依法办理批准手续。公众可以向公司登记机关申请查询公司登记事项，公司登记机关应当提供查询服务。