区别在于：
1、有无按照设立公司流程建立。
总公司是独立的公司，因此需要按照公司设立流程来建立，但分公司不需要，只用登记即可。
总公司设立程序要按照新公司的流程，而分公司只是附属于总公司的分支机构，不独立运行。
2、有无独立法人资格。
总公司有，而分公司无。
3、有无独立的资产。
总公司有，而分公司无。
4、总公司要对分公司负责，分公司要听令于总公司。

《公司法》第十四条
分公司与子公司
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。