强奸案件不予起诉的情况通常有以下几种情况：首先是犯罪事实通常不清晰、证据不够充足；
倘若目前掌握的证据无法充分证实嫌疑人为实施了强奸行为，并且这些证据尚不足以达到起诉的法律标准时，那么检察院就很可能决定不予起诉。
其次，如果犯罪行为情节较为轻微、对社会造成的危害不大，没有被认定为犯罪的话，检察院也有可能选择不予起诉。
例如在类似案件中，若双方当事人之间存在特殊的关系，又或是犯罪嫌疑人所实施的强奸行为相比较于普通的强奸行为而言，其情节相对较轻，那么检察院也有可能做出不予起诉的决定。
最后，如果犯罪嫌疑人具备法定的从轻、减轻或免除刑罚的情节，如犯罪嫌疑人属于未成年人，且犯罪情节较轻，或者犯罪嫌疑人具有自首、立功等表现良好的情节，那么检察院也有可能考虑不予起诉。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条
【依法不追诉原则】有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。