在强奸案中，被告人可以通过以下几种情形进行无罪辩护：
首先，被告人缺乏犯罪的主观故意。
这意味着被告并未产生强奸他人的心理意愿，例如，如果双方之间的性行为是在自愿且平等的前提下达成的。
其次，被告人可能会辩称案件中的证据存在欠缺。
例如，缺乏能够直接证实已经发生了违背女性意愿的性行为的确凿证据，或者相关的证据存在瑕疵或者互相矛盾，以至于无法构建出一个连贯而充分的证据链条。
第三种可能的情形是，对于被告人身份的辨识出现了错误。
例如，在某些情况下，可能会错误地把他误认为是强奸行为的实施者。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十五条
【重证据、重调查研究、不轻信口供原则】对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。
证据确实、充分，应当符合以下条件：
（一）定罪量刑的事实都有证据证明；
（二）据以定案的证据均经法定程序查证属实；
（三）综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。