依据民法典中关于（相关）犯罪侦查程序的第一百七十七条明确规定，若犯罪嫌疑人涉嫌的行为并无实质性的犯罪事实，或是在案件调查过程中出现了该法则第十六条所定义的特殊之处，人民检察机关应尊重事实，并依据法律做出不起诉的决定。
强奸罪作为一种极其严重的性侵犯犯罪类型，倘若犯罪嫌疑人在犯罪调查阶段无法自证清白，既没能被证实确实实施过强奸行径，或案件涉及到其他依法可以不予起诉的特定情形时，人民检察机关则可作出不予起诉的判断。
然而，若强奸案中的犯罪嫌疑人都能够提供充足且确凿的证据来证明自己的犯罪事实，那么在通常情况下，人民检察机关是不会轻易做出不起诉决定的。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条
犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。
对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。