刑事案件超过追诉时效的处理办法：刑事案件超过追诉时效的，人民检察院审查后，是可以作出不起诉决定的，不再追究刑事责任。依据我国《刑事诉讼法》的相关规定，一般情况下，超过追诉时效的刑事案件将不予立案，或立案后查明已过追诉时效的，应当撤销案件。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条
有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
(二)犯罪已过追诉时效期限的；
(三)经特赦令免除刑罚的；
(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。