关于批了三层只建一层的拆迁赔偿问题，具体情况如下：
一、合法审批部分
在这种情况下，已获批的三层在法律层面是有明确权益的。
即使实际只建造了一层，拆迁补偿也会依据合法审批的面积来展开。
这是因为审批通过意味着拥有相应的土地及建设权益。
具体而言，当地拆迁部门会参照当地既定的拆迁补偿标准，对获批的三层总面积进行全面且细致的评估，而不是仅仅局限于已建成的那一层。
二、补偿方式
常见的补偿方式主要有货币补偿和产权调换两种。
货币补偿时，相关部门会综合房屋市场价值、周边同类房屋价格等多方面因素，精准计算出补偿金额，确保补偿的合理性。
产权调换则是为被拆迁人提供面积相当的安置房屋，让被拆迁人有房可住，保障其基本居住权益。
三、具体操作
当地政府或拆迁部门会安排专业人员进行房屋价值评估，评估过程中会充分考虑土地价值、建筑成本等各类因素。
被拆迁人要积极配合评估工作，如实提供相关信息。
若被拆迁人对评估结果存在异议，可依据相关法律法规，依法申请复核或鉴定，通过合法途径维护自身应得的权益。

案情回顾:

小朱获批建三层房屋，但实际只建了一层。拆迁时，拆迁部门按获批三层面积核算补偿，小朱认为应只按实际建成的一层补偿，双方就此产生争议。

案情分析:

1、从合法审批角度看，小朱获批三层意味着拥有相应土地及建设权益，拆迁补偿按合法审批面积进行是合理合法的，应依据既定标准对获批总面积评估补偿。
2、关于补偿方式，无论是货币补偿还是产权调换，相关部门都会综合多因素确保补偿合理，保障小朱权益。
3、在具体操作中，若小朱对评估结果有异议，可依法申请复核或鉴定来维护自身权益。