在拆迁过程中，当遇到有两个营业执照的房子时，其赔偿通常遵循一定的原则。
首先，倘若这两个营业执照都是合法有效的，并且与该房屋紧密相关，那么一般会分别对其经营所遭受的损失等进行细致的评估与补偿。
比如，会考量店铺的经营类型、经营时间长短、顾客群体规模等因素，以准确计算出因拆迁而导致的每日经营损失额度，然后按照相应的期限进行赔偿。
对于因拆迁而引发的停业损失以及搬迁费用等，会根据实际的情况，参照相关的标准，并充分结合经营规模的大小等诸多因素，综合而全面地确定赔偿的具体金额。
例如，经营规模较大的店铺，其在搬迁过程中所涉及的物品搬运、设备拆装等费用可能就会相对较高，赔偿时会予以相应的考虑。
同时，也会对房屋本身的价值进行专业的评估与补偿，这会依据房屋的建筑结构、面积大小、地理位置等因素来确定。
然而，如果两个营业执照存在争议，或者其中一个存在违法的情况，那么就可能会对赔偿的具体方式和金额产生影响。
比如，违法的营业执照可能无法获得相应的赔偿，或者赔偿的标准会有所调整。
总之，最终的赔偿方案必须依据具体的法律规定、拆迁政策以及实际的情况来进行确定，以确保拆迁过程的公平、公正与合理。