可以拆。

其实有纠纷的房屋和拆迁并不冲突，因为拆迁与债权债务是两个不同的法律关系，只要拆迁的程序是合法的，而且房屋的所有权人是明确的，那么只要拆迁方能把拆迁款发放到位，而房屋所属人签订了拆迁协议，那么房屋是否存在纠纷并不影响拆迁的进程。

《行政诉讼法》第五十六条
诉讼期间，不停止行政行为的执行。但有下列情形之一的，裁定停止执行：
（一）被告认为需要停止执行的；
（二）原告或者利害关系人申请停止执行，人民法院认为该行政行为的执行会造成难以弥补的损失，并且停止执行不损害国家利益、社会公共利益的；
（三）法律、法规规定停止执行的。
对比，您可以向法院申请停止执行拆除行为。
同时，政府实施拆除行为，必须依法按照法定程序进行。