发生农村房屋产权纠纷，双方应按平等互利、协商一致的原则协商处理，协商不成的可以请求村民委员会、乡镇人民政府进行调解。
除此之外，可以由双方指定的机构进行仲裁，仲裁未解决的，可以携带相关材料向辖区人民法院提起诉讼。

《中华人民共和国仲裁法》第二条
平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十五条
当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。
《中华人民共和国民法典》第二百三十三条
物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。