当事人得以自主约定相应的违约金制度，其中包含了对于逾期未予履行债务时所产生的违约金。
因此，若借据协议双方已经在相关条款中明确了违约金事项，那么约定违约金便成为了合法的选择。
然而，如若违约金的具体金额明显低于实际损害发生的程度，则人民法院或者仲裁机构有权依据申请方的请求，对违约金进行相应的调整和增补；
反之，若违约金的设定过高，亦可通过适当的方式予以降低。
因此，借据协议中确实可以设立违约金条款，但是其具体数额应当与实际损失情况相适应，并且必须在法律规定的合理范围之内。

《中华人民共和国民法典》第五百八十五条
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。