新生儿住院医保报销流程是：
1.申报人准备好新生儿的住院发票、费用明细单、住院病历等相关材料；
2.参保后新生儿住院的，凭无卡证明办理住院手续；
3.在出院结算时，提交上述材料，使用医保结算系统结算，只支付个人自负部分。

《中华人民共和国社会保险法》第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。