当分居达到两年想要起诉对方时，具体可按如下流程来操作。
首先，得精心准备好相关的证据。
比如，在分居期间的居住证明，这可以是租房合同、水电费缴费单等，能实实在在地证明你在分居期间的居住地点；还有通信记录，像是短信、通话记录等，们能直观地体现出分居期间你与对方的联系情况，从而有力地证明分居事实。
接着，要认真起草起诉状。
起诉状中要明确地提出诉讼请求，像离婚等。
并且要详细地陈述分居的情况，比如从何时开始分居，分居的原因是什么，是因为工作原因、性格不合还是其他因素。
将这些内容清晰地写在起诉状里。
然后，把起诉状以及准备好的相关证据一起提交给有管辖权的法院，通常是被告的住所地法院或者经常居住地法院。
法院收到这些起诉材料后，会进行严格的审查，只要符合立案条件，就会予以立案，并且会及时通知双方当事人。
之后，法院会合理安排开庭时间，双方都必须按时参加庭审，在庭审过程中要进行举证、质证和辩论等一系列程序。
庭审结束后，法院会依据查明的事实以及相关的法律规定作出判决。
整个过程确实需要一定的时间，具体时长会因为不同的案件情况而有所差异。

案情回顾:

小朱和小李分居两年后，小朱欲起诉离婚。小朱准备证据时，发现与小李的通信记录不全，且部分居住证明难以获取。小朱起草起诉状写明自某时起因性格不合分居，但小李认为分居未满两年。小朱将证据和起诉状提交给小李住所地法院，法院立案后通知双方开庭。

案情分析:

1、证据方面，小朱应尽力补齐通信记录，寻找其他能证明居住情况的材料，以充分证明分居事实。
2、关于分居时长的争议，法院会依据双方证据判定，如小朱能提供足够证据证明分居起始时间，则可支持其诉求。
3、在庭审中，双方都要按照程序进行举证、质证和辩论，法院将根据查明事实依法判决。