1、法律风险：
小产权房不是商品房，商品房的相关规定和制度对小产权房是无效的，人民法院也不能适用商品房买卖的法律规定及司法解释处理涉及乡产权房的案件，购房人的权益很难得到维护。
2、政策风险：
购买的是在建小产权房，购房人与开发商签订合同并交付房款后，如果相关部门整顿产权房的建设项目，可能就会导致部分项目停建甚至被强迫拆除。
3、小产权房屋的开发建设还没有明确的规定加以约束，开发建设的监管同样存在缺位。
而产权房屋的开发得不到银行贷款支持，开发过程中其大量的开发资金没有政府和银行进行监管，主要依靠开发商自律进行开发建设，一旦开发单位的资金或其它环节出现问题，极有可能变成烂尾工程。
4、无法办理合法的产权手续，购买后也不能合法转让过户。

《中华人民共和国城市房地产管理法》第三十二条
房地产转让、抵押时，房屋的所有权和该房屋占用范围内的土地使用权同时转让、抵押。