擅自非法侵吞工程保证金无疑是一种极为严重的违法犯罪行为。
若依律当属侵占罪范畴，则应当依据案情具体情况与涉案金额的大小等因素，依法予以判罪量刑。
通常而言，被依法认定为侵占罪的罪犯将被勒令退还原先挪用的保证金，并有可能面临有期徒刑、管制或罚金等刑事处罚。
至于对被挪用资金的追讨工作，将会依照法定程序展开，其中包括查封、扣押相关财产等强制措施。

《中华人民共和国刑法》第二百七十条
【侵占罪】将代为保管的他人财物非法占为己有，数额较大，拒不退还的，处二年以下有期徒刑、拘役或者罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处二年以上五年以下有期徒刑，并处罚金。
将他人的遗忘物或者埋藏物非法占为己有，数额较大，拒不交出的，依照前款的规定处罚。
本条罪，告诉的才处理。