关于您所关心的强奸案中辩方当事人不承认犯罪行为是否会影响最终判决这一问题，我将给出以下解答：在刑事案件中，即使被告方矢口否认其罪行，法院仍可依据确凿充分的证据判定其有罪并依法作出相应的惩戒性判决。
根据我国现行的相关法律法规，在缺乏被告人口供的情况下，只要证据链条完整且具有充分的证明力，便足以认定被告人为罪犯并对其实施相应的刑事处罚。

《刑事诉讼法》第五十三条
对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。
只有被告人供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚；
没有被告人供述，证据确实、充分的，可以认定被告人有罪和处以刑罚。
证据确实、充分，应当符合以下条件：
（一）定罪量刑的事实都有证据证明；
（二）据以定案的证据均经法定程序查证属实；
（三）综合全案证据，对所认定事实已排除合理怀疑。