商品房顶层出现违建的情况，通常有以下几种处置方式。
城市管理部门起着关键作用，他们具备责令违建业主立即停止建设行为的权力，同时会限定一个期限，要求业主对违建进行改正或者拆除。
如果业主拒不执行这些要求，城市管理部门便可以依照法律程序，向法院提出申请，请求法院对违建进行强制执行。
倘若违建对相邻业主的合法权益造成了影响，相邻业主可以通过向法院提起民事诉讼的方式来维护自身权益，要求违建业主排除妨碍，将受到影响的原状恢复过来。
再者，依据相关的法律法规，违建行为很可能会面临罚款等行政处罚。
这既是对违建业主的一种惩戒，也是维护法律权威和社会秩序的必要手段。
另外，如果该商品房所在的小区有物业管理规约，且规约中对顶层违建有明确的规定，那么物业管理公司也可以依据这些规约，要求业主进行整改，或者采取其他相应的措施来处理顶层违建问题。
总之，无论是城市管理部门、法院，还是物业管理公司，对于商品房顶层的违建行为，都会严格按照法律法规和相关规定进行处置，以确保城市规划的顺利实施以及公共利益不受损害。