分公司不具有独立的主体资格，它只是总公司的一个分支（其财产实际为总公司所有），因此不是公司合并的问题（合并至少得两个公司）。
可以先将分公司注销。
先由总公司做出分公司撤销的决议，总公司应当自决议作出之日起30日内向该分公司的公司登记机关申请注销登记。
申请注销登记应当提交总公司法定代表人签署的注销登记申请书和分公司的《营业执照》。
分公司注销后，申请住所变更登记。
公司变更住所的，应当在迁入新住所前申请变更登记，并提交新住所使用证明

《公司法》第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。