关于背信运用受托财产罪的立案标准，主要包括以下三个方面的内容:
首先，相关金融机构如果违反了其所承担的受托义务，擅自使用客户资金超过30万元人民币以上的，或者是擅自使用其它委托方、信托方的财产的行为，应当予以立案侦查;
其次，尽管没有达到以上规定金额的标准，但是出现了多次或者是针对众多对象擅自使用其资金或者其它委托、信托财产的情况，也应视为符合本罪的立案条件之一;
最后，若存在有其它重大情节且危害严重的话也是需要视同为符合立案标准的。

《最高人民检察院公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》第四十条
商业银行、证券交易所、期货交易所、证券公司、期货公司、保险公司或者其他金融机构，违背受托义务，擅自运用客户资金或者其他委托、信托的财产，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（一）擅自运用客户资金或者其他委托、信托的财产数额在三十万元以上的；
（二）虽未达到上述数额标准，但多次擅自运用客户资金或者其他委托、信托的财产，或者擅自运用多个客户资金或者其他委托、信托的财产的；
（三）其他情节严重的情形。