在处理涉及性别认同障碍者涉嫌犯下强奸罪行的案件时，需要我们全面地权衡众多复杂且多样化的因素。
在相关案件的审理过程中，务必先确定犯罪行为的具体构成要素，包括是否存在着关于侵犯被害人类属意志的行为，借由暴力、威胁或其他压迫手段强迫与被害人发生性关系。
然而，对于性别认同障碍者来说，若他们的生理特征显示出为男性，但自我认同却为女性，并且对其他人实施了强奸行为，那么在法律判定上仍旧会根据他们的生理性别进行定罪。
这主要是由于，强奸罪的责任主体通常适用于那些具备男性生理特性的个体。
对于奸淫不满十四周岁的幼女的行为，将按照强奸罪论处，并予以从重处罚。
至于强奸妇女和奸淫幼女的行为，如果存在以下任何一种情况，则应判处十年以上有期徒刑、无期徒刑甚致死刑：
(1)情节恶劣的强奸妇女、奸淫幼女行为；
(2)涉及多个受害者的强奸妇女、奸淫幼女行为；
(3)在公共场合公开强奸妇女的行为；
(4)两人及以上共同实施的轮奸行为；
(5)导致被害人重伤、死亡或造成其他严重后果的行为。
总而言之，在对这类案件进行裁决时，必须综合考虑行为人的主观意图、客观行为以及被害人的实际状况等多种因素。

《中华人民共和国刑法》第二百三十六条
【强奸罪】以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。
奸淫不满十四周岁的幼女的，以强奸论，从重处罚。
强奸妇女、奸淫幼女，有下列情形之一的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑：
（一）强奸妇女、奸淫幼女情节恶劣的；
（二）强奸妇女、奸淫幼女多人的；
（三）在公共场所当众强奸妇女、奸淫幼女的；
（四）二人以上轮奸的；
（五）奸淫不满十周岁的幼女或者造成幼女伤害的；
（六）致使被害人重伤、死亡或者造成其他严重后果的。