通常来说，一旦协议被认定为无效，违约金条款亦随之失效。
这是由于协议的无效乃是自始无效，即表明该协议自签订之日起便不具备法律约束力。
然而，若因当事人对于合同无效做出的不当行为而给对方造成了实际损失，则受害方有权向存在过错的一方追索赔偿责任。
而这种赔偿责任的基础并非源于原协议中所约定的违约金条款，相反地，其根据源自于法律中关于缔约过失责任的相关规定。
在司法实践过程中，针对问题具体细节的判断和处理，需要综合考量协议无效的具体原因、双方当事人的过错程度以及其他相关因素，以确定最终的赔偿范围及金额。
总的来说，尽管协议无效通常会导致违约金条款的失效，但是我们不能排除有过错一方须负担相应赔偿责任的可能性。