对于商铺承租协议引发的纠纷，当事人可以通过以下途径进行妥善处理：首先，进行积极充分的磋商与和解；其次，可选择向相关部门提出调解申请，获得第三方权威机构的公正解决方案；最后，如果以上方法均无法妥善化解矛盾，可以依据法律程序寻求仲裁或诉讼解决渠道。在这里需要特别强调的是，如涉及到因承租协议产生的诉讼争议，其案件管辖权通常归属于被告所在地或协议履行场所的基层人民法院审理。

《民事诉讼法》第一百一十九条起诉必须符合下列条件：（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；（二）有明确的被告；（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。《中华人民共和国民法典》第十条处理民事纠纷，应当依照法律；法律没有规定的，可以适用习惯，但是不得违背公序良俗。