1.地域管辖：
在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖法院有约定且约定有效的，应适用其约定；
没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民法院管辖。
2.级别管辖：
原则上是由基层法院管辖；
若属于重大涉外或者对本辖区有重大影响的，由中级人民法院管辖。

1.《民事诉讼法》第十七条
基层人民法院管辖第一审民事案件，但本法另有的除外。2.《民事诉讼法》第十八条
中级人民法院管辖下列第一审民事案件：
（一）重大涉外案件；
（二）在本辖区有重大影响的案件；
（三）最高人民法院确定由中级人民法院管辖的案件《民事诉讼法》第二十三条
因合同纠纷提起的诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。