1.在建工程的合法性风险：依照相关法律法规，作为抵押人，必须已经取得了正在建设中的项目所占用土地的国有土地使用权；
并且，也需要已经获得了相关权力机关对其同意开工建设的建设用地规划许可证以及其他相关证件。
此外，依据建设部颁布的《城市房地产抵押登记办法》以及《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民法>若干问题的解释》，我们可以得知在建工程抵押贷款的借款人仅仅能够为那些设立抵押的人士，放贷的对象则只能够是金融机构（通常情况下是各大商业银行），而且贷款的用途仅能应用在在建工程继续建设所需的资金上。
2.评估价值的风险：在建工程的抵押权范围仅限于设立抵押时已经竣工且经过登记注册的在建工程，以及这一在建工程占有范围内相应比例的土地使用权，并不包括那些在登记之后新增的在建工程层数，更加不包含之外的土地使用权。
3.合同风险：按照建设部的《城市房地产抵押登记办法》规定，在将在建工程进行抵押的过程中，抵押合同还应该载明下列几点重要信息：
(1)《国有土地使用权证》、《建设用地规划许可证》以及《建设工程规划许可证》这三个证件的具体编号；
(2)已经缴纳的土地使用权出让金或者是需要缴纳的类似于土地使用权出让金金额的债务额；
(3)已经投入在建工程的工程款项数额；
(4)施工过程的进展程度以及预计工程完工的日期；
(5)已经顺利完成的工作事项及其数量。
若采用普通的抵押合同，不仅有可能使得在建工程的抵押合同失去其法律效力，甚至还有可能导致抵押关系无法得到有效执行。

《民法典》第286条的规定，认定建筑工程的承包人的优先受偿权优于抵押权和其他债权。建筑工程价款包括承包人为建设工程应当支付的工作人员报酬、材料款等实际支出的费用，不包括承包人因发包人违约所造成的损失。