当夫妻双方已经分开长达6年的时候，是可以通过诉讼的方式来办理离婚的。
在开始诉讼之前，一定要准备好一系列的相关材料，像身份证，这是证明自己身份的重要凭证；
结婚证，它是婚姻关系的有力证明；
还有起诉书，要清晰地阐述离婚的诉求和相关情况。
接着，把这些材料提交给有管辖权的法院，法院会对这些材料进行严格的立案审查，以确定是否符合起诉的条件。
之后，法院会合理地安排开庭时间，这时候双方都必须按时参加庭审，在庭审过程中，要郑重地陈述离婚的理由以及相关的事实情况，要做到有理有据。
法院会全面地根据双方的陈述以及所提供的证据等进行深入的审理和公正的判决。
如果经过审查认定夫妻之间的感情确实已经破裂，那么法院就会判决准予离婚。
然而，如果对方不同意离婚，那原告就需要拿出充分的证据来证明夫妻感情确已破裂，比如双方分居已经满了两年等这样的有力证据。
整个诉讼过程通常需要花费数月的时间，有时候甚至会更久，具体的时间长短要根据实际的案件情况来确定。