侵占公司资金罪的立案标准是5000元以上。
5000元至1万元以上会被以职务侵占罪定罪量刑。公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额在5000元至1万元以上的应予追诉。这里的数额，应当以累计金额计算。侵占1万元以上的的，处5年以下有期徒刑或者拘役：数额10万元以上的，处5年以上有期徒刑，可以并处没收财产。

《中华人民共和国刑法》
第二百七十一条
公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十二条、第三百八十三条的规定定罪处罚。