针对强奸案中证据不足的情况，可采取以下处理措施:
首先，若在公安部门展开调查阶段发现证据不充足时，公安机关可依照法律法规进行补充侦察工作;
其次，待检察院收到由公安机关提交上来的案件相关材料之后，如果发现该强奸案中的证据并不充分，则有权责成公安机关再次补充展开相关侦查工作。
经过两次补充侦查仍无法获取足够证据的话，检察院可能会做出不起诉的决定。
参考《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十五条的内容，各级人民检察院在审理案件过程中，如有必要，可向公安机关提出法院审判所需之证据材料;
同时，若发现可能存在本法第五十六条规定的侵犯人权行为以非法方式收集证据的情况，有权要求有关公安机关解释并证明其收集证据的合法性。
并且，鉴于案件审理过程中出现的需要补充侦查的情况，检察院有权将案件退回公安机关补充侦查，或是自主开展侦查工作。

《刑事诉讼法》第一百七十五条规定，人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。
人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。
对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。
补充侦查以二次为限。
补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。
对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。