强奸罪乃属刑事犯罪范畴，即使当事人双方已达和解协议，然而公诉机构仍有正当权力提出公诉。
在涉及刑事违法行为的案件处理过程中，尤其是强奸罪这样性质较为恶劣的案件，和解协议并未能取代法律应有的处罚力度。
尽管达成和解的情况可能在审判量刑环节作为减轻刑责的参考因素予以斟酌，但这并不妨碍对相关犯罪事实的认定以及刑事责任的追究。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条
【依法不追诉原则】有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。