一般需要达到下列标准，徇私舞弊抵扣税款罪才能立案：
为徇私情或私利，通过伪造材料、弄虚作假等手段，违法抵扣不应抵扣的税款或擅自决定抵扣不应抵扣的税款，给国家税收造成的损失累计达10万元以上的；
给国家税收造成的损失累计不满10万元，但存在收受贿赂等情节恶劣的情形。

《刑法》第四百零四条
税务机关的工作人员徇私舞弊，不征或者少征应征税款，致使国家税收遭受重大损失的，处五年以下有期徒刑或者拘役；造成特别重大损失的，处五年以上有期徒刑。
《最高人民检察院关于渎职侵权犯罪案件立案标准的规定》一（十五）
徇私舞弊发售发票、抵扣税款、出口退税罪是指税务机关工作人员违反法律、行政法规的规定，在办理发售发票、抵扣税款、出口退税工作中徇私舞弊，致使国家利益遭受重大损失的行为。
涉嫌下列情形之一的，应予立案：
1、徇私舞弊，致使国家税收损失累计达10万元以上的；
3、其他致使国家利益遭受重大损失的情形。